Фреди е роден на 5 септември 1946 г. в Стоун Таун, Занзибар (тогава колония на Великобритания, сега част от Танзания), в иранско семейство, изповядващо зороастризъм и на британска чиновническа служба. Има сестра Кашмира Булсара-Кук. Първите си 14 години прекарва в различни британски колонии. Започва да свири на пиано 7-годишен. Получава основно и средно образование в Индия - в началото учи в Бомбай, а по-късно в Мазагон. Оттогава са и първите му изяви като музикант — пианист в училищната рок-група The Hectics.
През 1959 г. семейството се премества в Англия. В училище постоянно го дразнят заради необичайната му външност и говор. Без да получи одобрение от родителите си, постъпва в колежа за изкуства и дизайн. Тези умения по-късно Меркюри използва при създаването на герба на групата Куийн.
През 1969 година Меркюри се присъединява като вокалист на групата Ibex. На 9 септември Ibex свирят в клуб в Ливърпул, а Брайън Мей и Роджър Тейлър присъстват, за да чуят Меркюри. Към края на концерта двамата се качват на сцената и седмица по-късно Фреди прави последното си участие за Ibex. След завръщането си в Лондон Меркюри свири два месеца в блус-групата Wreckage. Следващата година участва в три концерта с поредната група, преди да разбере, че групата на приятелите му Брайън Мей и Роджър Тейлър „Смайл“ се е разпаднала. След разпадането на „Смайл“ Меркюри, Мей и Тейлър основават „Куийн“. Фреди е този, който предлага името. Първият концерт на Меркюри, Мей и Тейлър е на 27 юни 1970 година, все още под името „Смайл“. Групата сменя няколко басиста, преди към групата да се присъедини Джон Дийкън през юли 1971 година. Стилът на „Куийн“ непрекъснато се мени. В едно музикално произведение звучат причудливи смесици от рок и опера, източни мелодии и мощни хорали. Фреди e блестящ пианист и държанието му на сцената заразява всички.
Фреди Меркюри умира от пневмония и усложнения, предизвикани от СПИН на 24 ноември 1991 г. на 45 години в Лондон.
През годините той упорито и до последно отрича болестта си. На 23 ноември 1991 г. Фреди вика мениджъра на „Куийн“ Джим Бийч в къщата си в Кенсингтън, Лондон, и му връчва съобщение за пресата:
„Поради огромния натиск на медиите през последните две седмици, искам да потвърдя, че съм болен от СПИН. Смятах за коректно да пазя в тайна информацията досега заради близките ми. Но дойде моментът моите приятели и фенове по целия свят да научат истината. Надявам се, че всички ще подкрепят мен, моите лекари и всички останали по света, които се борят срещу това ужасно заболяване. “ 24 часа по-късно Фреди умира